このホームページで取り上げているのは、細胞中にガス胞を持ち、アオコをつくる藍藻ですが、藍藻の仲間には、ガス胞を持たない種類も多くいます。
非常に小さな（大きさが０.２～２.０μm）ピコプランクトンと呼ばれるシネココックスや、ミクロキスティスのように群体を作るアファノテーケなどがプランクトンとして見られます。これらの仲間はガス胞を持たないため、アオコのように水表面に集積することはありません。
また、藍藻の仲間は水中の石の表面などに付着するものもいます。ユレモは汚れた川でよく見られる種類です。澄んだ川でのみ見られるクロオコックス科のスイゼンジノリ（絶滅危惧 I 類）は、食用になる藍藻として有名です。 また、運動場や水溜りの出来やすいコンクリートの上に発生する、こんにゃくの様なイシクラゲも藍藻のネンジュモ目の仲間です。これも食用になります。
*絶滅危惧種[ぜつめつきぐしゅ]：近い将来における絶滅の危険性が極めて高い種
*1μm＝1/1000mm