ほとんどの魚はアオコを餌として食べず、アオコが発生した水域から逃げてしまいます。
アオコを多く食べる魚としてはハクレンが知られています。しかし、ほとんどの水域では、アオコの天敵はおらず、アオコの原因となる藍藻類は大量に増殖してアオコ現象を引き起こした後、ウィルスなどによる病気によって死にます。