アナテケ属 Anathece

 透明な粘質内に多数の楕円形ないし円筒形の細胞が集合して群体を形成する。群体は非常に微小で浮遊性。細胞の幅は約1μmほどでガス胞はない、粘質鞘をもたない。
 本属はアファノテケ属（Aphanothece）の亜属から階級変更された。アファノテケ属は群体や細胞の形態が本属とよく似ているが、群体は肉眼でわかる程度に大きくなり、 底生、着生、気生または一時浮遊性で、個々の細胞が粘質鞘をもち、細胞の幅は1μm以上とやや大きい点でアナテケ属と区別できる。 また、チラコイドの配列および遺伝子解析の結果からも両属は区別できることが分かっている。

アファノカプサ属 Aphanocapsa

 透明な粘質内に多数の球形の細胞が集合して群体を形成する。群体は浮遊性。個々の細胞は粘質鞘をもたない、ガス胞はない。 本属はミクロキスティス属（Microcystis）と同様に群体は立体的に広がるが、細胞がガス胞をもたない点で区別できる。

コエロスファエリウム属 Coelosphaerium

 球形の透明な粘質鞘の表層に、ほぼ球形の細胞が一層に等間隔に並び、浮遊性の群体を形成する。群体の内部に糸状や紐状の構造物はない。 個々の細胞は粘質鞘をもたない。

キアノディクティオン属 Cyanodictyon

 紐状の粘質内に多数の細胞が一列に連なって群体を形成する。藻体は浮遊性。紐状の群体は折れ曲がるように平面または立体的に広がり、 球状や網目状になる。個々の細胞は粘質鞘をもたない、ガス胞はない。

キアノグラニス属 Cyanogranis

 透明な粘質内に少数ないし多数の細胞が密接に集合して群体を形成する。群体は浮遊性。群体の周縁部にある数個の細胞に鉄化合物が沈着している。個々の細胞は粘質鞘をもたない、ガス胞はない。

レンメルマンニエラ属 Lemmermanniella

 球形の透明な粘質鞘の表層にほぼ円筒形の細胞が接線方向に一層に並び、浮遊性の群体を形成する。群体の内部に糸状や紐状の構造物はない。個々の細胞は粘質鞘をもたない、ガス胞はない。

リムノコックス属 Limnococcus

 透明な粘質内に少数の球形または分裂直後の半球形の細胞が集合して群体を形成する。群体は浮遊性。個々の細胞は粘質鞘をもたない、ガス胞はない。
 本属は群体形態の差異、個々の細胞が粘質鞘をもたないこと、細胞分裂の違い、さらに遺伝情報の解析結果からクロオコックス属（Chroococcus）と区別できるとして、クロオコックス属の亜属から階級変更された。

メリスモペディア属 Merismopedia

 数個ないし多数の細胞が一層に規則正しく縦横に並び、平板状の群体を形成する。浮遊性。

パンヌス属 Pannus

 透明な粘質内に球形の細胞が1-2(-3)層に平板状に並び、浮遊性群体を形成する。群体の形態は円形、葉状、網目状など。個々の細胞は粘質鞘をもたない。

ロメリア属 Romeria

 藻体は幅1-3µmの細胞が縦一列に数個ないし30個ほどが折れ曲がりながら連なっている。細胞は円筒形または様々な程度に湾曲する、ガス胞はない。細胞先端は丸みを帯びている。鞘はないが透明な粘質に覆われていることがある。

スノウェラ属 Snowella

 ほぼ球形の透明な粘質鞘の表面に細胞が一層に並び、浮遊性の群体を形成する。細胞は群体中央部から二叉分岐しながら外側に向かって放射状に伸びる粘質糸の先についている。細胞が2個または4個ずつ密接して並んでいることが多い。個々の細胞は粘質鞘をもたない。

ウォロニチニア属 Woronichinia

 球形、卵形または小群体が密着した不規則な形の群体を形成し、浮遊する。細胞は球形、長球形または広卵形。群体の中心から放射状に並ぶ粘質の柄を持ち、柄の先端部である群体表面近くに細胞が並ぶなどの点でMicrocystisと区別できる。

プランクトリングビア属 Planktolyngbya

 藻体は一本のトリコームと、明瞭な粘質鞘からなる細い糸状体で、単独で浮遊する、運動性がない。トリコームは幅4μm以下、全長がほぼ同じ幅で、まっすぐまたはらせん形、先端は丸く終わる、カリプトラはない。細胞はガス胞をもたない。

プセウドアナベナ属 Pseudanabaena＊＊

 藻体は幅1-3μmの細いトリコームからなる。トリコームは全長がほぼ同じ幅で、先端は丸く終わる、カリプトラはない。細胞は長短の円筒形、細胞間の隔壁部でくびれる。

グラウコスピラ属 Glaucospira

 トリコームは細く（3μm未満）、短く、規則正しい緩いらせん状で、単独で浮遊する。トリコームは全長が同じ太さで、鞘をもたない。細胞隔壁部でくびれない。細胞はガス胞をもたない。

クロオコックス属 Chroococcus

 粘質鞘内に1個または少数の細胞が集合して群体を形成する。藻体は浮遊性または着生。粘質鞘は層状で細胞または細胞群のすぐ外側を覆っている。細胞にガス胞はない。

ミクロキスティス属 Microcystis

 透明な粘質内に多数の球形の細胞が集合して浮遊性の群体を形成する。群体の粘質の外縁は不明瞭でほとんど見えないものと明瞭なものがある。個々の細胞はガス胞をもつ、粘質鞘をもたない。
 ミクロキスティス属の藻は関東から九州、沖縄にいたる地域で発生するアオコの主な構成要素で、ミクロキスチンを産生するので、水源の湖沼ではその挙動が注意深く監視されている。2種以上混生することが多く、その組み合わせや相対的な量は時とともに変化する。

以下にミクロキスティス属（Microcystis）の日本でみられる種について、形態の比較一覧表を示す。

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ラディオキスティス属 Radiocystis

 透明な粘質内に細胞が放射状に配列した浮遊性群体を形成する。個々の細胞は粘質鞘をもたない。

アナグノスティディネマ属 Anagnostidinema

 藻体は幅1-3μmの細いトリコームからなる、鞘をもたない、運動性があり、縦軸方向に滑走運動をする、先端部を曲げながらまたは回転しながら運動することもある。 トリコームの先端は細くなることはあるが常に丸みを帯びて終わり、乳頭状になることはない、尖ることはない、カリプトラはない。
 本属と同じく滑走運動するガイトレリネマ属 Geitlerinemaは、トリコーム先端細胞が細長く伸びて曲がり、乳頭状に終わることで区別できる。 また、チラコイドの配列および遺伝子解析の結果からも両属は区別できることが分かっている。

アルトロスピラ属 Arthrospira

 プランクトトリックス属／プランクトトリコイデス属の項目を参照のこと。

プランクトトリックス属 Planktothrix／プランクトトリコイデス属 Planktothricoides

 トリコームはまっすぐ、または緩く曲がるか規則的らせん形、幅は4μm以上で鞘はなく、分岐することはなく、単独で浮遊する。 細胞内全体にガス胞があり、チラコイドは放射状である。形態的な特徴だけではプランクトトリックス属 Planktothrixとプランクトトリコイデス属 Planktothricoidesとの区別は難しい。遺伝子配列（16S rRNA）の違いから両者は別属とされている。
 一方、日本の淡水域に生育し、これまでArthrospira maxima（Spirulina maxima）またはArthrospira platensis（Spirulina platensis）と 同定されていた浮遊性種は、遺伝子解析の結果からプランクトトリックス属の1種Planktothrix spiroidesであることが明らかになっている。 Arthrospira maximaは主に熱帯や亜熱帯地域の塩水湖に生息し、形態および遺伝子解析の結果に基づき、現在はLimnospira属に移されている(Limnospira maxima)。またArthrospira platensisは淡水性の着生種である。

ユレモ属 Oscillatoria

 トリコームはまっすぐか緩く曲がり、鞘はない、分枝はない、通常単独で生育することはなく、基質に着生し、目視できる程度の平らなマット状の群体を形成する。 止水域では、発達した群体全体が基質から離れ、水面に浮き上がることがある。細胞は円盤状で、幅約7μm以上、長さは幅の1/2から1/11、ガス胞はない。 日本で浮遊性のものはこれまでのところOscillatoria kawamuraeのみが知られている。

ミクロコレウス属 Microcoleus

 藻体は鞘のないトリコームだけか、鞘内に一本のトリコームがあるか、または鞘内に多数のトリコームが含まれ、単独またはマット状に集合する。 トリコームはほぼまっすぐ、隔壁部でほとんどくびれず、先端部に向かってやや細くなる。細胞は円筒形、ガス胞はない。頂端細胞はやや細くなって丸く終わるか、円錐状に細くなり乳頭状に終わり、カリプトラがあることが多い。 本属の多くの種は湖岸や川岸などに着生し、運動性があるのに対し、不動の浮遊性種として報告されているのは現在のところM. pseudautumnalisだけである。
 従来のミクロコレウス属のうち、トリコームの形態および遺伝子情報の違いからトリココレウス属Trichocoleusおよびコレオファシクルス属Coelophasciculusに移された種がある。 一方、フォルミディウム属Phormidiumのうち、一部の種は同じ理由からミクロコレウス属に移された。

トリコデスミウム属 Trichodesmium

 ユレモ型のトリコームが常に束を作って浮遊生活をする。T. iwanoffianum Nygaard と T. lacustre Kleb. が報告されている。

アナベノプシス属 Anabaenopsis

 トリコームは単独で浮遊する。栄養細胞にはガス胞がある。トリコームの中央部の隣り合う2つの細胞がそれぞれ分裂し、隣接する側に形成された細胞が異質細胞に分化する。 したがって一時的にトリコームの中央部に異質細胞が2個並んで形成されるが、トリコームは2つの異質細胞が接する部位で分断するため、トリコームはその両端に異質細胞をもつことになる。 アキネートは楕円形または円筒形で栄養細胞より大きく、異質細胞から離れて1個または2個または数個連続してできる。 本邦ではA. arnoldii Aptekarおよび A. circinalis (G.S.West)Wołosz. et V.V.Mill.が報告されているが、大発生したという記録はない。

アファニゾメノン属 Aphanizomenon

 トリコームは糸状で浮遊する、単独であることはまれで多数集合して束を形成する。トリコームはまっすぐかゆるく曲がり、全長を通じて同じ幅または先端部がやや細くなるが、先端は円いか平坦で針状にならない。 栄養細胞は円筒形、ガス胞がある、先端細胞はやや長い。異質細胞は円筒形または楕円形、栄養細胞とほぼ同じ幅である。アキネートは介生的、円筒形で栄養細胞より長く、異質細胞から離れて形成される。

クスピドスリクス属 Cuspidothrix

 トリコームは糸状で単独で浮遊する。トリコームはまっすぐかゆるく曲がり、先端に向かって段階的に細くなり、尖って終わる。栄養細胞は円筒形、ガス胞があり、先端細胞は明らかに細く尖っている。 異質細胞は円筒形または楕円形、栄養細胞とほぼ同じ幅である。アキネートは介生的、円筒形で栄養細胞より長く、異質細胞から離れて形成される。 本邦では今のところC. issatschenkoi (Usačev) Rajaniemi et al.だけが報告されている。

 以下にアファニゾメノン属（Aphanizomenon）とクスピドスリクス属（Cuspidothrix）の日本でみられる種について、形態の比較一覧表を示す。

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キリンドロスペルモシス属 Cylindrospermopsis

 ラフィディオプシス属 Raphidiopsisの項を参照のこと。

ドリコスペルマム属 Dolichospermum

 トリコームはまっすぐか、規則的かやや不規則ならせん形、または不規則に曲がり絡み合っている。栄養細胞にはガス胞がある。異質細胞は球形または楕円形で、栄養細胞とほぼ同じ大きさで、トリコームの中間に形成される。 アキネートは球形、楕円形、円筒形で、幅も長さも栄養細胞や異質細胞より大きく、異質細胞の近くにできる。

グロエオトリキア属 Gloeotrichia

 トリコームは基部に異質細胞があり、先端部に向かって細くなり、毛状になって終わる。トリコームが異質細胞をもつ基部を中心にして放射状またはまばらに集合し、球形または半球形の群体をつくる。 アキネートは異質細胞に隣接する。本邦ではG. echinulata (J.E.Sm. et Soverby) P.G.Richit.が報告されている。

ラフィディオプシス属 Raphidiopsis

 トリコームは単独で浮遊する。トリコームは比較的短く、直線状または円形またはらせん状に湾曲し、両端または一端が細く尖っており、鞘をもたない。異質細胞はトリコームの一端または両端にあるか、またはどちらにもない。アキネートはトリコームのほぼ中央部にできる。
 従来、キリンドロスペルモプシス属 Cylindrospermopsisはトリコームの先端に異質細胞をつくるのに対し、ラフィディオプシス属は異質細胞をつくらないが、両属のトリコームやアキネートの形態などは差異がないといわれてきた。 しかし、両属の種が同一の水域に出現すること、トリコームが異質細胞をつくっていない場合はどちらの属なのか区別がつかないことなどから、成熟してアキネートと異質細胞の両方をもつものはキリンドロスペルモプシス属に、一方どちらもないかアキネートだけをもつものはラフィディオプシス属として扱われてきたのではないかとの疑問が以前からあった。 最近、形態だけでなく遺伝子情報（16S rRNA遺伝子、16S-23S rRNA ITS領域およびその二次構造）の解析が行われた結果、両属は単系統であり、別属として区別できないという研究報告があった（Aguirela et al. 2018）。この場合、植物命名規約の先取権の原則により、キリンドロスペルモプシス属の種はラフィディオプシス属に移されることになる。
 本属は大発生してアオコをつくる場合がある。またRaphidiopsis raciborskii (シノニム：Cylindrospermopsis raciborskii）はシリンドロスパーモプシンやサキシトキシン、 Raphidiopsis curvispora （シノニム：Cylindrospermopsis curvispora）はアナトキシンといった毒素をつくることが知られている。ただし、同一種でありながら毒素を産生しない培養株も報告されている。

スファエロスペルモプシス属 Sphaerospermopsis

 トリコームはまっすぐか、または規則的かやや不規則ならせん形である。栄養細胞にはガス胞がある。異質細胞は栄養細胞とほぼ同じ大きさの球形で、トリコームの中間に形成される。 アキネートは球形で、栄養細胞や異質細胞より明らかに大きく、異質細胞の両側または片側に必ず隣接してできる。

 以下にドリコスペルマム属（Dolichospermum）とスファエロスペルモプシス属（Sphaerospermopsis）の日本でみられる種について、形態の比較一覧表を示す。

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(新山・辻 2013より)

以下の種は日本での観察が限られており、上記の一覧表に含めていません。

• Anabaena cf. elliptica sensu M.Watan. 2007
• A. cf. heterospora sensu M.Watan. 2007
• A. cf. solitaria sensu M.Watan. 2006
• A. cf. tenericaulis sensu M.Watan. 2007
• A. levanderi Lemmerm. 1906
• A. tsugaruensis M.Watan. 2006
• Dolichospermum curvum (H. Hill) Wacklin et al. 2009
• Sphaerospermopsis eucompacta (R. Li et M.M.Watan.) X. Li et R. Li 2015

ウメザキア属 Umezakia

 トリコームは単独で浮遊し、先端に向かってやや細くなる。栄養細胞にはガス胞があり、異質細胞とアキネートはトリコームの中間部に形成される。 培養中に分枝を形成したことから、当初スチゴネマ目で唯一の浮遊性種としてU. natans M.Watan. が報告された。 ところが、その後行われた遺伝子解析によって、本種がネンジュモ目の1グループに含まれること、しかしドリコスペルマム属、スファエロスペルモプシス属、クスピドスリクス属、ノデュラリア属などから明瞭に区別されることが明らかとなった。 形態的には、分枝がない状態では広義のアファニゾメノン属と、さらに異質細胞がなくアキネートをもつ状態ではラフィディオプシス属と区別することは難しい。今のところ、U. natans1種のみが知られており、日本以外からの報告はない。