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世界的な学者として、また日本の医学界・衛生行政に貢献した業績をもって日本はもとよりヨーロッパ各国、アメリカ、ロシアよりさまざまな勲章を受章、多くの学術研究団体より名誉会員に叙せられた。

北里は妻乕との間に四男三女をもうけた。家族宛の手紙が多く遺されていることに家庭における良き夫・父の素顔が垣間見られる。