日本人の起源の研究は今に始まったわけではなく、100年以上の歴史をもつ日本の人類学界の大きな柱の一つです。しかし、特にここで本研究プロジェクトを立ち上げた背景の一つには、日本の旧石器の捏造問題がありました。旧石器の再検討は当然行なわれましたが、同時に日本の旧石器時代人化石の真偽も検討が迫られています。また、加速器Ｃ-14年代測定法（AMS）による精密な分析から、弥生時代の開始時期が従来の説よりも数百年もさかのぼる可能性が出てきて、これまでの縄文〜弥生移行期の概念が大きく変わりつつあります。
　本研究プロジェクトでは、このような状況をふまえ、形態と遺伝子のデータに基づいて、旧石器時代から縄文〜弥生移行期まで日本列島住民の身体形質がいかに変化したか、という問題を改めて検討し、新たな日本人形成過程のシナリオを構築したいと思っています。
　具体的には、以下のような研究課題を設定し、得られた結果を統合的に解釈する予定です。

（１）日本列島で発見されている、いわゆる「旧石器時代人骨」の形態・年代などを、マイクロCT三次元画像分析、多変量統計解析、AMS放射性炭素年代分析などの手法によって再検討し、それらが旧石器時代人骨として妥当か否かを明らかにする。また、日本列島の旧石器時代人は縄文時代人の直接の祖先と見なされうるか否か、という点についても、従前とは異なる統計学的手法によって再検討する。
（２）長野県栃原遺跡出土人骨など、日本列島の縄文時代早・前期人について、形態学的分析とDNA分析をあわせて行ない、縄文時代早・前期人の特徴を総合的に明らかにする。
（３）主として北海道から出土した縄文中・後・晩期人骨を対象にDNA分析を行い、その系譜と進化プロセスを明らかにする。
（４）弥生時代の年代的枠組みの変化が、縄文〜弥生移行期における人口変動と人骨形態変化に関する理解にどのような影響を与えるのか、という点をコンピュータ・シミュレーションにより検討する。
（５）これまでに出土している関東の弥生時代人標本の年代は必ずしも正確に決定されたものではなかったので、そのような弥生時代人標本の年代を再検討すると同時に、彼らの食性も窒素・炭素の安定同位体分析によって検討する。
（６）これまで言われてきた縄文・弥生時代間の人骨形態の断絶性を、頭蓋・四肢骨計測値の時代ごとの地理的変異パターンの多変量解析によって、総合的に分析・再検討し、その要因を明らかにする。

　日本列島からは、縄文時代（約15,400年前〜約2,800年前）よりも古い時代の人骨、すなわち、旧石器時代の人骨はほんの少ししか発見されていません。しかも、そのほとんどが断片的なものばかりの上に、未だに年代や形態が本当に旧石器時代人のものか否か、疑われているものもあります。そこで、私たちは、そのような人骨標本の形態や年代を、最近著しく発達した分析法を使って再検討することにしました。
　また、これまでのところ、縄文人の祖先の具体的な候補としては沖縄の港川人（約2万年前）が最も有力ですが、異論もあります。我われの研究班では、この問題についても再検討を行なっています。

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　旧石器時代人骨の形態と年代の再検討
　縄文時代早期人骨の形態学的調査とＤＮＡ分析
　北海道出土の縄文・続縄文時代人骨のＤＮＡ分析
　弥生時代の枠組み変化による日本人起源仮説への影響の検討
　関東弥生時代人の年代・食性・形態の再検討
　頭蓋・四肢骨計測値の地理的変異パターンにおける時代間差の分析