当館と東京大学は1995年（平成7年）から連携・協力して東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻および地球惑星科学専攻の大学院生に対して研究指導を行っています。
当館には大学や他の研究機関には見られない膨大な標本コレクションがあります。このコレクションの活用をはじめとして、博物館の特徴を活かした研究を希望する学生は、国立科学博物館の研究者の指導を受けられるようになりました。
現在、指導を担当している当館の研究者は4人です。
●海産無脊椎動物分類学 [藤田 敏彦 教授]
海産無脊椎動海物を対象として分類・系統・進化を中心に研究を進めています。研究室に所属するメンバーはそれぞれ自分の専門とする分類群をもち、その分類群のエキスパートとなることを目指しています。フィールドワークも重要な研究活動の一環であり、野外作業にも力を入れています。
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●菌類系統分類学 [細矢 剛 准教授]
菌類（カビ・きのこ・酵母）の多様性・進化について、特に「ビョウタケ目」というもっとも多様な菌群を材料にして研究を行っています。「ビョウタケ目」は単純な腐生菌ではなく、一つの種が共生や寄生も行う多才な菌群であることがわかってきました。
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●植物進化生態学 [奥山 雄大 准教授]
なぜ陸上には多様な生物種が存在するのだろう。この問いに答えるために、日本列島を舞台に多様化を遂げたと考えられる植物群をモデルとし、生き物同士の関わりに特に着目しつつ多種間の生活史形質を比較することで新しい種が生まれる原理を探っています。研究スタイルとしては植物好きの視点からの昆虫学、昆虫好きの視点からの植物学を追求しています。
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●爬虫類古生物学・形態進化学 ［對比地 孝亘 准教授］
化石記録に残された骨格形態の情報と、現生種の解剖等を通して得られる解剖学的データの両方を用いて、爬虫類のマクロ進化様式を明らかにすることを目指しています。進化の謎を、自ら積極的に解明して行こうという学生を歓迎します。
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