参加・参加検討中の機関の方へ

はじめに
データ提供について概略をご紹介します。
このページについてこのページには、すでに参加されている機関の方や、今後S-Net/GBIF活動へ参加を検討されている機関の方々に向けて、データ提供のプロセスや参考資料、ツールなどをリストしました。ここでは詳しい説明を省き、概略だけをご紹介します。【ご注意】Internet Explorerなどブラウザの環境によっては、本ページ内のリンク先へのジャンプが動作しないことがあります。
S-Netへのデータ提出S-Netへのデータ提出のためには、所定のデータが、所定のデータ項目名と形式で整理されている必要があります。どんなデータ項目が必要か、データ変換ツールのマニュアルの4.1の表(p.18~27)で、確認してみてください。もし、お手元のデータが所定の項目と合致していれば、データ変換ツールで、提出用のデータファイルを作成して、事務局(国立科学博物館S-Net/GBIF担当)まで、メールでお送りください。データが整っていない場合には、データ事前整形支援ツールを用いて、整形してから変換してください。なお、地名の統一などに日本沿岸地名辞書(ZIP)などを利用することができます。また、レッドリスト種については、産地の公開に注意を払う必要があります。どの種が該当するかを調べるには新レッドデータチェッカーを利用することができます。 
メタデータ情報の提供提供されたデータ一式は「データセット」として管理されています。これらがどんなデータセットかを説明するデータをメタデータ(たとえば、「◯×博物館の昆虫コレクション」のようなものです)といい、提供データとは別にご用意頂く必要があります(詳しくは、メタテータ登録票の記載(PDF)をご覧ください)。 
データの公開とライセンスご提供いただいたデータは事務局におけるチェックを経て、S-Netから公開され、国内で利用されるとともに、GBIF(地球規模生物多様性情報機構)(リンクを新しいタブで開きます)OBIS(海洋生物多様性情報システム)(リンクを新しいタブで開きます)から公開され、世界的にも利用されます。データの二次利用については、事前に許諾(ライセンス)を与えることになっており、ライセンスの国際的な標準となっているクリエイティブコモンズのCC0、CC BY、あるいはCC BY-NCを指定していただきます(詳しくは、 CCライセンスのご案内(PDF)をご覧ください。ライセンスの意味についてはこちら(リンクを新しいタブで開きます)をご覧ください)。 
データ提供のプロセスデータ提供に関わる事務手続きなどについてはデータ提供の手続き(PDF)をご覧ください。また、以上の各プロセスについての詳しい説明は、スライド資料「はじめようS-Net」(PDF)をご覧ください。 
S-Net/GBIFへのデータ提供
S-Net/GBIFへ標本データをご提供いただくプロセスについてのご案内です。
はじめようS-NetS-Net/GBIFへのデータ提供についてスライドで説明しています。はじめようS-Net(2018.6作成2022.6改訂版)(PDF)
データ提供の手続きデータ提供の際に必要な書類や手続きについてご案内しています。(提出用の様式が必要な場合には、最新のファイルをお送りしますので、事務局までご連絡ください。)データ提供の事務手続き(PDF)
CCライセンスのご案内クリエイティブ・コモンズ・ライセンス(CC ライセンス)は利用条件を定める方法として国際的によく使われているツールです。データセットごとの利用条件をCCライセンスを使って設定するための説明です。CCライセンスご案内(PDF)
メタテータ登録票の記載S-Net/GBIFではデータセット(コレクション)ごとに、機関情報やデータセットに関する情報を公開しています。データご提供の際は、データと併せてメタデータ登録票の提出をお願いしています。メタデータ登録票記載のお願い(PDF)
機関コードをGRSciColl(旧GRBio)でチェック提出データに付与する機関コード(旧:機関略号)が他の機関と重複していないかどうかGRSciColl (GBIF Registry of Scientific Collection、旧GRBio)でのチェックして登録することをお願いしています。機関コードについてGRSciColl(旧GRBio)でのチェックと登録のお願い(PDF)
データ提供にあたっての関連資料S-Net/GBIFへのデータ提供にあたり手続き用の文書を起票する際などにご参照いただける関連資料をまとめました。データ提供にあたっての関連資料(PDF)
S-Net/GBIF登録用データの作成2026年度以降の新しい形式のS-Net/GBIF登録用データを作成する手順について説明しています。登録用データの作成(更新準備中)
S-Net項目一覧表(更新準備中)
新S-Netシステムについて
2018年4月にリニューアルされた新S-Netシステムについてのご案内です。
使ってみようS-Net新しいS-Netサイトから自然史標本情報を利用するときの使い方を短いスライドで紹介しています。とりあえず和名で探す(PDF)地図に表示させる(PDF)データをダウンロードする(PDF)詳細検索を使う(PDF)
標本データの分布図を作成日本で採集された標本の情報をダウンロードし、国土地理院の地理院地 図を使って分布図を作成する方法を紹介しています。地理院地図で分布図を作成(PDF)
新S-Netの主な変更点2026年に改訂された新S-Netシステムについて、主な変更点をご紹介しています。新S-Netの主な変更点
機関を指定してS-Netへリンクする方法機関のリストにデフォルトの機関名を指定してリンクし、機関の所蔵標本を検索するページを用意する方法を説明しています。機関を指定してS-Netへリンク
新データ変換ツール新しいデータ変換ツールについてご紹介しています。新しいデータ変換ツール
ツール・辞書
生物多様性情報発信のためにご利用いただくツール・辞書類です。
データ変換ツール標本データをS-Net/GBIFに登録するデータ形式に変換するためのプログラムです。また、S-Net形式の登録データの内容をチェックしたり、半角の項目に誤って入力された全角アルファベットを半角に置き換えるなどのデータクリーニングをすることができます。S-Net形式のデータ項目の説明はマニュアルの4章を参照ください。マニュアル(2026年更新)
プログラム(2026年更新)
データ事前整形支援ツールS-Netの項目に合わせて標本データを整形するために利用できるツールです。このツールでは地名の和英・英和変換、地名の分割・抽出などを行うことができます。マニュアル(2012/3/9更新)(PDF)
プログラム(2010/7/22更新)(ZIP)
日本沿岸地名辞書「日本沿岸地名表(1982年(昭和57年)海上保安庁水路部編)」を基に地名や緯度経度データを電子化した沿岸地名の辞書です。説明と辞書ファイル(エクセル形式 2017/12/1更新)(ZIP)(リンクを新しいタブで開きます)
新レッドデータチェッカー国版・地方版のレッドリスト掲載種を判定する新しいツールです。メールベースで動作するシンプルなツールです。
※本チェッカーの辞書は、環境省生物多様性センターよりレッドデータブック・レッドリストの情報をご提供いただき、それを元に作成したものです。この辞書は環境省レッドリスト2020に対応しています。
レッドデータチェッカー(メール版)(PDF)
レッドデータチェッカーを使う上での注意(PDF)
入力サンプル(csvファイル)(CSV)
データ入力のためのヒント
標本データをS-Netの項目に合わせて準備する際のヒントを紹介しています。
位置情報の入力のヒント住所の情報や緯度経度など標本採集地の位置情報に関する項目を入力する際に参考となる手順をまとめました。
〇住所を都道府県、市区町村などに切り分け
〇国・都道府県・市区町村名を英語に変換
〇地名から緯度経度を取得(アドレスマッチング)
〇英語での自然地形などの入力する場合の記載例
〇日本の主な島の住所


地名の切り分け(PDF)
地名の英語化(PDF)
住所から緯度経度を取得(PDF)
英語での自然地形入力例(PDF)
日本の主な島の住所(PDF)
分類情報の入力のヒント学名、属名、種小名など生物種の分類情報に関する項目入力する際に参考となる手順をまとめました。
〇生物リストを使って和名を調べ学名を取得
〇学名を属名、種小名などに切り分ける
〇学名辞書的に使える日本産生物リストの一覧
〇GBIFサイトの種名マッチングツールを使って学名をチェック

生物リストで和名から学名を取得(PDF)
学名の切り分け(PDF)
日本産生物リスト一覧(PDF)
GBIFサイトで学名をチェック(PDF)