参加・参加検討中の機関の方へ
| はじめに | ||
| データ提供について概略をご紹介します。 | ||
| このページについて | このページには、すでに参加されている機関の方や、今後S-Net/GBIF活動へ参加を検討されている機関の方々に向けて、データ提供のプロセスや参考資料、ツールなどをリストしました。ここでは詳しい説明を省き、概略だけをご紹介します。 | 【ご注意】ブラウザの環境によっては、本ページ内のリンク先へのジャンプが動作しないことがあります。 |
| メタデータ情報の提供 | 提供されたデータ一式は「データセット」として管理されています。これらがどんなデータセットかを説明するデータをメタデータ(たとえば、「◯×博物館の昆虫コレクション」のようなものです)といい、提供データとは別にご用意頂く必要があります(詳しくは、メタデータ登録票の記載をご覧ください)。 | |
| データの公開とライセンス | ご提供いただいたデータは事務局におけるチェックを経て、S-Net(リンクを新しいタブで開きます)(サイエンスミュージアムネット)から公開され、国内ではJBIF(リンクを新しいタブで開きます)(日本生物多様性情報イニシアチブ)で利用されるとともに、GBIF(リンクを新しいタブで開きます)(地球規模生物多様性情報機構)やOBIS(リンクを新しいタブで開きます)(海洋生物多様性情報システム)から公開され、世界的にも利用されます。データの二次利用については、事前に許諾(ライセンス)を与えることになっており、ライセンスの国際的な標準となっているクリエイティブ・コモンズのCC0、CC BY、あるいはCC BY-NCを指定していただきます(詳しくは、 データ利用権についてをご覧ください。ライセンスの意味についてはこちら(リンクを新しいタブで開きます)をご覧ください)。 | GBIFの概要(PDF) JBIFの概要(PDF) S-Netの概要(PDF) |
| データ提供のプロセス | データ提供に関わる事務手続きなどについてはデータ提供の手続きをご覧ください。また、S-Net/GBIFの概要、必要な手続き、登録用データの作成・提出までをまとめたS-Net/GBIFデータ提供関連資料(概要編)(PDF)も参考にしてください。 | |
| S-Net/GBIFへのデータ提供(事務手続き) | ||
| S-Net/GBIFへS-Net形式のデータ提供に必要な書類や手続きをご案内します。 | ||
| データ提供の手続き | データ提供の際に必要な書類や手続きについてご案内しています。(提出用の様式が必要な場合には、最新のファイルをお送りしますので、事務局までご連絡ください。。 | データ提供の事務手続き(PDF) |
| メタデータ登録票の記載 | S-Net/GBIFではデータセット(コレクション)ごとに、機関情報やデータセットに関する情報を公開しています。データご提供の際は、データと併せてメタデータ登録票の提出をお願いしています。 | メタデータ登録票記載のお願い(PDF) |
| データ利用権について | クリエイティブ・コモンズ・ライセンス(CC ライセンス)は利用条件を定める方法として国際的によく使われているツールです。データセットごとの利用条件をCCライセンスを使って設定するための説明です。 | CCライセンスご案内(PDF) |
| 機関コードをGRSciColl(旧GRBio)でチェック | 提出データに付与する機関コード(旧:機関略号)が他の機関と重複していないかどうかGRSciColl (Global Registry of Scientific Collections、旧GRBio)でチェックして登録することをお願いしています。 | 機関コードについてGRSciColl(旧GRBio)でのチェックと登録のお願い(PDF) |
| S-Net/GBIFへのデータ提供(S-Net形式データの提出) | ||
| S-Netに公開するS-Netデータの作成・提出方法をご案内します。 | ||
| S-Net形式のデータとは | S-Netで自然史標本データを公開するために、どのような形式でデータを作成すればよいかを説明しています。S-Net形式はGBIFのデータ形式と互換性があり、標本番号、採集地、採集日、学名などを含む150項目で構成されていますが、すべてを入力する必要はありません。入力時の基本的な注意点や、自館のウェブページ・標本画像へのリンク方法、既存データをS-Net形式に変換する方法も紹介しています。 | S-Netの自然史標本データ形式(S-Net形式)(PDF) |
| データ提供に必要な書類を提出する | S-Net/GBIFへデータを提供する際に必要となる、事務手続きの全体的な流れを説明しています。年度当初のアンケート回答から、見積書やデータ提供同意書の提出、必要に応じた契約、データの送付、完了通知書・請求書の提出、支払いまでを、事務局と参加機関それぞれの作業順に確認できます。初めてデータを提供する場合に、いつ、どの書類を提出するのかを把握するためのページです。 | データ提供の流れ(PDF)(書類提出) |
| S-Netデータを作成、提出する | 各機関で管理している自然史標本データを、データ変換ツールを使ってS-Net形式へ変換し、提出するまでの流れを説明しています。項目の対応付け、表記の整理、入力内容のチェック、レッドデータとの照合、エラーの修正を行います。提出後に事務局が行うエラー、修正が必要になった場合の対応についても説明しています。 | データ提供の流れ(PDF)(S-Net形式データ作成) |
| ツール・項目一覧 | ||
| 生物多様性情報発信のためにご利用いただくツール・辞書類です。 | ||
| データ変換ツール | 標本データをS-Net/GBIFに登録するデータ形式に変換するためのプログラムです。また、S-Net形式の登録データの内容をチェックしたり、半角の項目に誤って入力された全角アルファベットを半角に置き換えるなどのデータクリーニングをすることができます。S-Net形式のデータ項目の説明はS-Net項目一覧をご参照ください。 | マニュアル(PDF)(2026年更新) プログラム(ZIP)(リンクを新しいタブで開きます)(2026年更新) |
| S-Net形式のデータで使用する項目 | S-Net形式で使用する150項目について、それぞれの項目名、入力できる文字や数値の種類、文字数などの制限、入力が必須かどうか、何を入力する項目なのかを一覧で確認できます。標本番号、採集日、採集地、緯度・経度、学名、和名、タイプ標本情報、古生物情報など、登録用データの各列に何を入力すればよいか迷ったときに参照する資料です。GBIFで公開される際に対応するDarwin Coreの項目名も掲載しています。 | S-Net項目一覧(PDF) |
| S-Netデータの活用 | ||
| 生物多様性情報発信のためにご利用いただくツール・辞書類です。 | ||
| 使ってみようS-Net | 新しいS-Netサイトから自然史標本情報を利用するときの使い方を短いスライドで紹介しています。 | とりあえず和名で探す(PDF)、地図に表示させる(PDF)、データをダウンロードする(PDF)、詳細検索を使う(PDF) |
| 標本データの分布図を作成 | 日本で採集された標本の情報をダウンロードし、国土地理院の地理院地図を使って分布図を作成する方法を紹介しています。 | 地理院地図で分布図を作成(PDF) |
| 機関を指定してS-Netへリンクする方法 | 機関のリストにデフォルトの機関名を指定してリンクし、機関の所蔵標本を検索するページを用意する方法を説明しています。 | 機関を指定してS-Netへリンク |
| 過去に公開していた提供していたツール・入力のためのヒント | ||
| 以下の資料は、過去に公開していた情報を参考資料として掲載しているものです。 現在は内容の更新を行っていないため、最新の情報とは異なる場合がございます。 ご利用の際は、現行の制度や手続き、仕様等をあわせてご確認ください。 | ||
| データ事前整形支援ツール | S-Netの項目に合わせて標本データを整形するために利用できるツールです。このツールでは地名の和英・英和変換、地名の分割・抽出などを行うことができます。 | マニュアル(2012/3/9更新)(PDF) プログラム(2010/7/22更新)(ZIP) |
| 日本沿岸地名辞書 | 「日本沿岸地名表(1982年(昭和57年)海上保安庁水路部編)」を基に地名や緯度経度データを電子化した沿岸地名の辞書です。 | 説明と辞書ファイル(エクセル形式 2017/12/1更新)(ZIP)(リンクを新しいタブで開きます) |
| 新レッドデータチェッカー | 国版・地方版のレッドリスト掲載種を判定する新しいツールです。メールベースで動作するシンプルなツールです。 ※本チェッカーの辞書は、環境省生物多様性センターよりレッドデータブック・レッドリストの情報をご提供いただき、それを元に作成したものです。この辞書は環境省レッドリスト2020に対応しています。 | レッドデータチェッカー(メール版)(PDF) レッドデータチェッカーを使う上での注意(PDF) 入力サンプル(csvファイル)(CSV) |
| 位置情報の入力のヒント | 住所の情報や緯度経度など標本採集地の位置情報に関する項目を入力する際に参考となる手順をまとめました。 〇住所を都道府県、市区町村などに切り分け 〇国・都道府県・市区町村名を英語に変換 〇地名から緯度経度を取得(アドレスマッチング) 〇英語での自然地形などの入力する場合の記載例 〇日本の主な島の住所 | 地名の切り分け(PDF) 地名の英語化(PDF) 住所から緯度経度を取得(PDF) 英語での自然地形入力例(PDF) 日本の主な島の住所(PDF) |
| 分類情報の入力のヒント | 学名、属名、種小名など生物種の分類情報に関する項目入力する際に参考となる手順をまとめました。 〇生物リストを使って和名を調べ学名を取得 〇学名を属名、種小名などに切り分ける 〇学名辞書的に使える日本産生物リストの一覧 〇GBIFサイトの種名マッチングツールを使って学名をチェック | 生物リストで和名から学名を取得(PDF) 学名の切り分け(PDF) 日本産生物リスト一覧(PDF) GBIFサイトで学名をチェック(PDF) |