葉の痕跡の中には、動物ではなく、菌類やバクテリアなどの微生物によって生じるものもあります。現生植物では、湿度が高い季節や雨の多い時期には、胞子の発芽や増殖が進みやすいため、斑点病や葉の枯れ込み（病斑）が増えることが知られています。感染による痕跡は、点状の小さな斑点から、広い範囲が変色するものまで多様で、縁がぼやけたり、輪状に見えることもあります。 昆虫の食害と違い、微生物感染は「辺縁食」のような明瞭な縁取りや、口器で繰り返し刻まれた規則的な欠刻が見られにくいのが特徴です。むしろ、葉の表面で組織が変色・壊死して広がるように見えたり、葉脈に沿って広がったり、同じような斑点が多数散在したりします。ただし化石では、保存過程や鉱物による着色が変色に見えることもあるため、研究者は模様の出方、複数標本での一貫性、保存状況なども含めて総合的に判断します。 現生でよく知られている例としては、うどんこ病やさび病、炭疽病などがあり、これらは葉に白い粉状の被膜や褐色の斑点、壊死斑を形成します。また、アブラムシやヨコバイなどの吸汁昆虫は植物ウイルスを媒介することがあり、昆虫の食害と微生物感染が組み合わさって植物に影響を与えることもあります。このような三者の関係は、化石記録にもその痕跡が残されている可能性があります。