東京大学院理学系研究科生物科学専攻
当館と東京大学は1995年（平成7年）から連携・協力して東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻の大学院生に対して研究指導を行っています。
当館には大学や他の研究機関には見られない膨大な標本コレクションがあります。このコレクションの活用をはじめとして、博物館の特徴を活かした研究を希望する学生は、国立科学博物館の研究者の指導を受けられるようになりました。
現在、指導を担当している当館の研究者は6人です。
海産無脊椎動海物を対象として分類学を中心に研究を進めています。研究室に所属するメンバーはそれぞれ自分の専門とする分類群をもち、その分類群のエキスパートとなることを目指しています。フィールドワークも重要な研究活動の一環であり、野外作業にも力を入れています。
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陸上植物の系統と進化について研究しています。特に、シダ植物の系統分類、変わった被子植物カワゴケソウ（川苔草）科の形態進化と系統、着生植物の進化、胞子から種子への進化について研究しています。
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ジャワ原人などの化石をもとに、アジア地域を中心とした人類進化の研究をしています。そのほか現代アジア人の形成史、日本人における顎・顔面・骨格の時代変化などにも関心があります。
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●魚類分類学 [松浦啓一 教授]
魚類の系統分類と分布（動物地理）が主要な研究分野です。魚類の系統や分布の研究には、従来の観点にとらわれない柔軟な発想、新たな形質を発見する鋭い目が要求されます。意欲と目をもっていれば、研究対象は無限にあります。
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コケ植物の系統分類、植物地理、生殖について研究を行っています。陸上植物の中では最も原始的な特徴を有し、植物の系統進化を考える上で興味深いグループです。
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当研究室では、化石・現生を問わず、二枚貝、巻貝、アンモナイトなど化石に残りやすい生物（硬い骨格を持つ生物）を用いて研究を行っています。
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